Sekolah Kebangsaan Seri Kota Puteri mula dibuka pada tahun 1998. Ketika itu Sekolah Kebangsaan Seri Kota Puteri terpaksa menumpang di bangunan Sekolah Kebangsaan Taman Rinting 2 selama enam bulan dan hanya beroperasi pada sesi petang.
Pada tanggal 1 Julai 1998, Sekolah Kebangsaan Seri Kota Puteri mula beroperasi sepenuhnya di bangunan sendiri yang terdiri daripada 3 blok bangunan 3 tingkat untuk pengajaran dan pembelajaran, sebuah kantin dan sebuah padang bola sepak.
Sekolah Kebangsaan Seri Kota Puteri terletak dalam kawasan perumahan Kota Puteri dalam daerah Johor Bahru dan terletak kira-kira 20 kilometer dari Pusat Bandar. Semasa mula beroperasi, hanya terdapat 25 orang guru dan 392 orang murid sahaja yang telah bekerjasama membuka dan menceriakan kawasan sekolah daripada keadaan yang tidak terurus kepada keadaan yang ceria sesuai untuk aktiviti pengajaran dan pembelajaran.
